코믹함을 내세운 1편과 다르게, 보다 어려운 난이도와 다양한 아이템, 스테이지 구성이 돋보였다.
예를 들면,,,
- 적의 공격에 맞거나, 부딪히면 하트가 1개씩 사라진다. 그 적을 없애면 뼈가 사방으로 튀는데, 그걸 일정 개수 모으면 하트 1개를 원상복구할 수 있다.
- 적의 머리 위로 점프해서 더 높은 장소로 이동할 수 있다. 그리고 점프한 횟수만큼 적을 없앨 때 얻는 점수를 x2 x3 x4 ...뻥튀기시킬 수 있다. 고인돌2에서 점프는 필수!
- 스테이지를 클리어 하는 것 이외에 여기저기 숨겨진 음식을 100% 모으는 것이 고인돌2의 또 다른
스트레스묘미이다. 정말 별의별 곳에 다 숨겨져 있으니 여기저기 건드려보는 것이 좋다.
- 스테이지에서 과일 등의 아이템을 일정수준 모으면 냉장고가 튀어나온다!!! 냉장고는 점수 보너스가 어마어마하지만, 주인공 머리로 받으면 멀리 튕겨 날아간다;;
- 담배 라이터를 얻어야만 스테이지를 종료할 수 있다. 이때 숨겨진 종료 지점으로 통과하면 보너스 스테이지 진입이 가능하다.
- 다양한 무기: 기본 무기인 네안데르탈인 방망이부터 망치, 도끼, 투척도끼까지 정말 다양한 무기가 제공된다.
- 행글라이더: 후반 스테이지에서는 행글라이더를 탈 수 있다. 위 아래 방향키를 이용해서 멀리, 더 높이 이동할 수 있다. 행글라이더로만 갈 수 있는 장소에 라이터, 숨겨진 스테이지가 있다.
- 얼음 스테이지에서는 강한 바람에 쉽게 미끄러진다. 이 때 방향키 ↓를 눌러 이동해야지만 미끄러지지 않고 버틸 수 있다. 이 바람을 잘 이용해야만 들어갈 수 있는 히든 스테이지도 있다.
- 전문가 난이도로 게임을 클리어해야만, 추가 스테이지에 진입할 수 있다. 이지 난이도로 클리어 했을 경우에는 성문 이미지만 나오고 게임 끝. 참 찝찝하다.